医療法人は様々な点で営利法人と異なりますが、その多くは医療法人が配当をすることを禁止されていることに起因します（医療法54条）。この配当禁止規定は、直接的な配当に限らず、下記のような配当類似行為を含む広い概念として捉えられています。
医療法人の中には節税目的や余剰資金の運用目的で下記のような資産を保有等していることがありますが、医療法上問題になることが多々あります。
例えば毎年度の事業報告書等の提出により都道府県から指導を受けたり、定款変更の認可申請をしてもこれらが解消される（もしくは解消策を示す）まで認可を受けることができなかったり、親族内承継時に厚生労働大臣の認定を受けることができなかったりすることになります。
また、これらの行為により医療法上は過料の対象になる場合があるだけでなく、都道府県知事による「報告徴収」「立入検査」「改善命令」「業務停止命令又は役員の解任勧告」「医療法人の認可取消」により、最悪の場合医療法人が解散することにもなりかねません。
「そんなこと今まで言われたことない」とか「勧められたから法人で持っている」という法人も多いですが、今は問題が顕在化していなくても後々問題が顕在化する可能性があり、それを親族内承継で後継者に残したまま引き継ぐことは避ける必要があります。第三者承継ではこれらの問題を解決しないと買い手がつかないことにもなりかねません。
厚生労働大臣の認定を受ける際の取扱いを参考に対策方法の一例をご紹介します（参考：厚生労働省医政局医療経営支援課「持分の定めのない医療法人への移行計画認定制度Ｑ＆Ａ」）。
※下記の内容については都道府県の指導等については取扱いが異なる場合があります。都道府県ごとの取扱いについては所在地の都道府県に直接ご確認ください。
役員等特定の人のみが使用している場合は医療法に抵触する可能性があります。ただし、福利厚生目的等で医療法人でこれらの保養施設や会員権の所有すること自体が否定されるものではないと考えられます。
医療法人での保有を続ける場合の対策例としては、福利厚生施設利用規程を法人で作成して役員のみではなく従業員も含めて全員が同じ条件のもとで使用できる状態にすることや、利用者名簿を作成することにより実際に役員等特定の人以外も使用していることを記録として残すことなどが考えられます。
法人で高級車を所有し、それを理事長や理事が使用しているケースも多いかと思われます。 その利用方法等により医療法に抵触する可能性があります。
医療法人での保有を続ける場合の対策例としては、法人の業務として合理的な範囲での利用に限定し、合理的な理由なく自宅からの通勤等の私的な利用が恒常的に行われないようにする、役員による社用車の利用がある場合には、利用日、利用時間、行先、目的及び移動距離等を記録した運行記録を作成する等が考えられます。
節税目的で法人から役員に社宅を貸与しているケースも多く見受けられます。役員等特定の人のみが居住する社宅の所有又は賃借は医療法に抵触する可能性があります。
医療法人での保有を続ける場合の対策例としては、福利厚生規程を法人で作成して役員のみではなく従業員も含めて全員が同じ条件のもとで使用できる状態にすることや、適正な賃料として賃料鑑定や近隣類似物件の賃貸借料に基づく賃料を徴収し、賃料算定の根拠資料等を作成し保存する等が考えられます。
いわゆるメディカル・サービス法人（MS法人）を併設して、医療法人との間で業務委託取引や不動産賃貸借取引を行っているケースも多く見受けられます。 節税目的で併設していても結局法人事業税や消費税をMS法人で余分に納税することになり税負担が過重になっているケースがほとんどです。
医療法との関連では、主に医療法人の役員と、開設・経営上の利害関係にある営利法人等の役職員を兼務することは一定の例外を除き認められないため、やむを得ず両法人間の取引を継続する必要がある場合で兼務があるときはまずその兼務を解消する必要があります（参考：平成5年2月3日厚生省健康政策局総務課長・指導課長通知「医療機関の開設者の確認及び非営利性の確認について」）。また、取引の相手方としての選定理由や取引価額の決定方法などについて、入札や同業他社との見積もりによる根拠を残しておく等が考えられます。
医療法人関係者で一番誤解を生じやすいのが、この役員貸付金です。「将来返すのだから問題ない」のではなく、都道府県からは配当類似行為として真っ先に指導の対象となります。特定の理由で一時に生じたもの（例えば、法人設立時に都道府県で決められた出資・拠出すべき金額に満たなかった金額との差額）や、日々のプライベートな支出を法人資金で賄ったことによる積み重ねによるものなどがあります。
福利厚生として内部規定を設け全職員を対象として貸付を行う場合は認められる場合がありますが、特定の役員のみに対する金額が高額となっている場合は何らかの方法（役員報酬の増額、個人資金や法人への賃貸不動産による返済等）で解消する必要があります。また、今後役員貸付金が増えないようにする体制を構築することも必要です。
配当類似行為とは少し異なりますが、過度なリスクのある投資商品での運用は注意する必要があります（参考：医療法人運営管理指導要綱より「現金は、銀行、信託会社に預け入れ若しくは信託し、又は国公債若しくは確実な有価証券に換え保管するものとすること（売買利益の獲得を目的とした株式保有は適当でないこと）」）。
監事は他の役員と親族等の特殊の関係がない者である必要があります（参考：医療法人運営管理指導要綱）。
なお、都道府県によって「親族等」の範囲や「他の役員」の範囲が異なるケースがありますので、それぞれの医療法人の所在する都道府県ではどのような取扱いか確認する必要があります。